招标代理结构的立性差同时也极易促成代理机构、招标方与投标方三者之间相互勾结，影响甚至操纵招投标结果的不利局面。在对招标代理机构进行审计时，审计人员应对代理机构、招标方与投标方三者之间的往来和关系进行审查。
评标就是对投标文件的评审和比较，根据什么样的标准和方法进行评审，是一个关键问题，也是评标的原则问题。因此，评标的审计，是招投标审计的重中之重，这一过程应根据招标项目的不同类型，审计评标内容、评标依据、评标方法和评标过程。
1、评标内容。评标的主要内容，是决定投标胜负的关键性竞争。审计时应审查评标内容的全面性和评标标准的合理性和科学性，评标标准不得含有倾向或者排斥潜在投标人的内容，不得妨碍或者限制投标人之间的竞争。
2、评标依据。评标应当依据招标文件的规定以及招标文件所提供的内容评议，不得临时采取招标文件以外的标准和方式进行评标。评标时，招标单位不得任意修改招标文件的内容或提出其他附加条件作为中标条件。审计时，应坚持公开、公平、公正的原则，确保评标过程中平等、公正的对待所有投标者。
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